正如你會與水晶的能量同化，水晶也會與周遭能量同化，因此只要有人觸摸水晶，或改變水晶擺放位置，都可能稍稍改變水晶的能量，因此定期淨化水晶是重要的：
1.月光下
月光可淨化水晶，只要將水晶放在窗台或戶外過夜。
2.石英床
若有較大的晶洞，可將手串或較小的水晶在晶洞放置12-24小時。
3.聲音
若你有頌缽，敲響頌缽，將水晶置於音場範圍內。
4.鼠尾草煙燻
點燃鼠尾草束或煙燻杖，用煙霧燻水晶，可同時淨化一堆水晶的好方法。
5.鹽或水淨化
經常有人推薦使用海鹽、水或鹽水淨化水晶，但有些水晶會因此被傷害，如：月光石、孔雀石、透石膏、方解石、藍晶石、蛋白石、天青石等。